Đại bàng cá châu Phi là loài khá phổ biến gần các hồ nước ngọt, các hồ chứa, và các dòng sông, mặc dù đôi khi chúng có thể được tìm thấy gần bờ biển ở cửa sông, đầm phá. Như tên gọi của nó, đại bàng cá châu Phi bản địa châu Phi cận Sahara, khác nhau, trên hầu hết các lục địa châu Phi phía nam sa mạc Sahara. Một vài ví dụ nơi mà chúng có thể được thường trú bao gồm các sông Orange ở Nam Phi và Namibia, đồng bằng sông Okavango ở Botswana, và hồ Malawi giáp giới quốc gia cùng tên của nó Malawi, Tanzania và Mozambique. Đại bàng cá châu Phi được cho là hiện diện với số lượng lớn xung quanh các địa điểm của hồ Victoria, các hồ lớn khác ở Trung Phi, đặc biệt là các hồ Rift Valley.[4] Loài này không sinh sống ở các khu vực khô cằn và diện tích mặt nước nhỏ.[7]